El microscopio (del griego μικρός micrós, ‘pequeño’, y σκοπέω scopéo, ‘mirar’)^[1]​ es una herramienta que permite observar objetos, que son demasiado pequeños para ser observados a simple vista. El tipo más común y el primero que fue inventado es el microscopio óptico. Se trata de un instrumento que contiene dos lentes que permiten obtener una imagen aumentada del objeto y que funciona por refracción. La ciencia que investiga los objetos pequeños utilizando este instrumento se llama microscopía.

Hay muchos tipos de microscopios, y pueden agruparse de diferentes maneras. Una de ellas es describir el método que utiliza un instrumento para interactuar con una muestra y producir imágenes, ya sea enviando un haz de luz o electrones a través de una muestra en su trayectoria óptica, detectando las emisiones de fotones de una muestra, o escaneando a través y a corta distancia de la superficie de una muestra utilizando una sonda. El microscopio más común (y el primero que se inventó) es el microscopio óptico, que utiliza lentes para refractar la luz visible que pasa a través de una muestra finamente seccionada para producir una imagen observable. Otros tipos importantes de microscopios son el microscopio de fluorescencia, el microscopio electrónico (tanto el microscopio electrónico de transmisión como el de barrido) y varios tipos de microscopios de sonda de barrido.^[2]​